研究领域：数学、AI与生命科学交叉

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2001.9-2005.6长沙理工大学  数学 理学学士学位

2005.9-2008.6湘潭大学 数学 理学硕士学位

2009.1-2011.7新加坡南洋理工大学 数学 理学博士学位

 

2011.8-2014.12美国密歇根大学  Yang Zhang实验室  博士后

2015.1-2021.6南开大学   数学科学学院   副教授、教授

2018.9-2019.9美国华盛顿大学  David Baker实验室 访问学者

2021.7-至今  山东大学  数学与交叉科学研究中心   教授

 

1、天津市自然科学一等奖（第1完成人，2022）

2、国际蛋白质结构预测竞赛（CASP15）第一名（2022）

3、全球高被引学者（Clarivate 2023）

4、中国高被引学者（Elsevier 2022-2024）

5、《麻省理工科技评论》 2023年中国智能计算创新人物（2024）

5、天津市优秀博士、硕士学位论文指导老师（2022）

6、南开大学优秀博士学位论文指导老师（2022, 2023）

7、南开大学优秀硕士学位论文指导老师（2019、2022）

8、霍英东青年教师基金（2018）

9、国家海外高层次青年人才（2016）

 

在Nature Methods、PNAS等期刊发表论文70余篇，部分代表作如下。

1. Wenkai Wang^#, Chenjie Feng^#, Renmin Han^#, Ziyi Wang, Lisha Ye, Zongyang Du, Hong Wei, Fa Zhang*, Zhenling Peng*, Jianyi Yang*, trRosettaRNA: automated prediction of RNA 3D structure with transformer network, Nature Communications, 14: 7266, 2023.

2. Wenkai Wang, Zhenling Peng, Jianyi Yang*, Single-sequence protein structure prediction using supervised transformer protein language models, Nature Computational Science, 2: 804-814, 2022.

3. Zhenling Peng^#, Wenkai Wang^#, Renmin Han^#, Fa Zhang*, Jianyi Yang*, Protein structure prediction in the deep learning era, Current Opinion in Structural Biology, 77: 102495, 2022.

4. Zongyang Du^#, Hong Su^#, Wenkai Wang, Lisha Ye, Hong Wei, Zhenling Peng, Ivan Anishchenko, David Baker, Jianyi Yang*, The trRosetta server for fast and accurate protein structure prediction, Nature Protocols, 16: 5634-5651, 2021.

5. Hong Su^#, Wenkai Wang^#, Zongyang Du, Zhenling Peng, Shang-Hua Gao, Ming-Ming Cheng, Jianyi Yang*, Improved protein structure prediction using a new multi-scale network and homologous templates, Advanced Science, 8, 2102592, 2021.

6. Jianyi Yang^#, Ivan Anishchenko^#, Hahnbeom Park, Zhenling Peng, Sergey Ovchinnikov, David Baker*, Improved protein structure prediction using predicted interresidue orientations, PNAS, 117: 1496-1503, 2020.

7. Qi Wu, Zhenling Peng*, Yang Zhang, Jianyi Yang*, COACH-D: improved protein-ligand binding site prediction with refined ligand-binding poses through molecular docking, Nucleic Acids Research, 46: W438-W442, 2018.

8. Runze Dong^#, Shuo Pan^#, Zhenling Peng*, Yang Zhang, Jianyi Yang*, mTM-align: a server for fast protein structure database search and multiple protein structure alignment, Nucleic Acids Research, 46: W380-W386, 2018.

9. Jianyi Yang*, Yang Zhang*, I-TASSER server: new development for protein structure and function predictions, Nucleic Acids Research, 43: W174-W181, 2015.

10. Jianyi Yang, Renxiang Yan, Ambrish Roy, Dong Xu, Jonathan Poisson, Yang Zhang, The I-TASSER Suite: Protein structure and function prediction, Nature Methods, 12: 7-8, 2015.

主持国家杰出青年基金等项目，部分项目如下

l 2023.01-2027.12	国家杰出青年科学基金
l 2019.01-2022.12	国家自然科学基金面上项目
l 2018.02-2021.03	霍英东教育基金会第十六届高等院校青年教师基金
l 2016.10-2019.10	海外高层次青年人才